Transznisztria a halál földjeként is marad fenn a történelemben, ugyanis több tízezer zsidó és cigány lelte itt halálát 1941-ben.
1941. augusztus 30-án Hitler és Ion Antonescu megbeszélései nyomán román–német megállapodást írtak alá Tighinában, amely szerint román polgári közigazgatást vezetnek be a Transznisztriának nevezett, Dnyeszter és Bug közötti területen. A románok eredményeit beárnyékolta, hogy
Transznisztriát a zsidók és cigányok deportálási és kiiktatási helyeként is használták.
Nem sokkal a tighinai megállapodás után több tízezer zsidó és roma számára Transznisztria a „halál földje” lett. A tighinai megállapodás elősegítette Ion Antonescu marsall genocídiumra irányuló politikáját, amelynek Transznisztriában Gheorghe Alexianu, a tartomány kormányzója volt a végrehajtója.
Ion Antonescu rezsimje a besszarábiai és bukovinai zsidók kiirtására a „terep megtisztítása” kódnevet használta. Ez gyakorlatilag
a német „végső megoldás” megfelelője volt.
A kiirtás feladata a hadseregre és a csendőrségre hárult. A csendőrség három-négy nappal azelőtt kapott parancsot a „terep megtisztítására, hogy (1941. június 21-én) három helyen, Románvásárnál (Roman), Falticsénnél (Fălticeni) és Galacnál (Galaţi) átkeltek a Pruton.
A csendőrség főfelügyelője, C. Piki Vasiliu tábornok Románvásárnál azt mondta a csendőrségi tiszthelyettesek és tisztek előtt, hogy „az első feladatuk a terep megtisztítása, ami alatt a következőt kell érteni: helyben ki kell irtani a falun élő összes zsidót, gettókba kell zárni a városi zsidókat, le kell tartóztatni minden gyanús személyt, a pártaktivistákat, mindazokat, akik felelős tisztségeket töltöttek be a szovjet uralom alatt és őrizet alatt a parancsnokságra kell vinni őket”.
Az őrhelyi (Orhei) csendőrparancsnokság vezetője, Constantin Popoiu arra hívta fel a csendőrök figyelmét, hogy
„ki kell irtsák a zsidókat a pelenkás csecsemőtől a tehetetlen öregemberig,
mert mindnyájan veszélyesek a román nemzetre”.
A terep megtisztítására vonatkozó parancsok kibocsátása után a Dnyeszter és Bug közötti terület óriási temetővé vált, ahol több tízezer ruhájától megfosztott és rothadó hulla hevert az utak mentén. A hullák miatt fertőzővé vált Bug vize már ihatatlan lett.
Az egészségügyi állapotok iránti közömbösség a helyi nem-zsidó lakosságot, a román katonákat és a Bug térségében élő német kisebbség tagjait is veszélyeztette. Az elrabolt ékszerek, értéktárgyak, aranyfogak, gyűrűk és jegygyűrűk menetközben eltűntek.
A szovjet csapatok 1944 augusztusában visszatértek Transznisztriába és Besszarábiába
(Kelet-Moldvába). Az 1947-es párizsi békeszerződés a Szovjetuniónak ítélte Besszarábiát, Észak-Bukovinát és Transznisztriát, és újra a szovjet közigazgatási felosztás és a területek orosz megnevezései váltak hivatalossá.